教堂里的花窗即担起了墙体的功能，又能将阳光引入室内，还起到美化与装饰作用，更重要的是，这些彩色玻璃在当时承载着宗教的传播用途，为不识字的普罗大众能以看图的方式了解圣经的故事和人物。

彩色玻璃爱德华大厦逐渐取消了门廊和弯曲的阳光房走廊，并增加了侧廊窗户的面积，直到整个教堂采用了大规模的一排窗户。这些窗户又高又大，几乎承担了墙的功能。并利用阿拉伯国家的彩色玻璃工艺，创作出丰富多彩的宗教故事，起到了向文盲传播教义的作用，也有很高的艺术成就。彩色玻璃主要是红色和蓝色。蓝色象征天国，红色象征基督的宝血。窗棂的施工工艺非常精细复杂。细长的窗称为“柳窗”，圆的称为“玫瑰窗”。彩色玻璃在教堂内部营造出神秘而壮丽的景象，一改罗马式建筑因光线不足而沉闷沉闷的景象，表达了人们内心对天堂的向往。
近些年来，许多教堂在翻修时将恢复彩绘玻璃窗户作为了其中的一个重要部分。对于教友来说，这是增强自身信仰热忱的一种方式，而对于外教人来说，这是心目中教堂不可或缺的一个部分。这些玻璃的制作工厂来自于四面八方，既有上海教区自己的工场、也有上海和外省的一些玻璃工厂，甚至不乏从国外进口的作品。
罗源滨海堂的圣殿由1412平方米的双层玻璃幕墙围合而成，并有着107,707块的彩色玻璃。该设计希望唤醒人们对传统的教堂彩窗的记忆，然而局限的预算下，彩色玻璃需要达到最大程度的标准化来实现造价的控制。因此，建筑师选用了10乘10厘米的正方形彩色玻璃作为基础，色调从深蓝色渐变到淡黄色直至亮白色等共21种，其中局部视觉需强调的区域选用了4乘4厘米的白色磨砂玻璃。